第３９話「新世界の扉」
脚本=木村 暢／絵コンテ=古田 丈司・うえだ しげる／演出=うえだ しげる／キャラ作監=しんぼたくろう／メカ作監=阿部 宗孝・金 世俊／制作進行=奥田 卓司
ある人物の助けにより、セカンドムーンを脱出したキオ。しかし、そこに立ちはだかったのは、ヴェイガンの首領イゼルカントだった。イゼルカントが操る、ヴェイガンのガンダム、『ガンダムレギルス』は、圧倒的な力を見せつける。火星圏の実情を知り、動揺するキオに、イゼルカントはプロジェクト・エデンの真意を語り、ヴェイガンに連れ戻そうとする。しかし、キオもまた、自分の中に生まれた感情をイゼルカントにぶつける。今、火星圏で、ガンダム同士の激しい戦いが繰り広げられる…。
第３８話「逃亡者キオ」
脚本=加藤陽一／絵コンテ=孫 承希／演出=孫 承希／キャラ作監=森下 博光、大貫 健一／メカ作監=阿部 邦博／制作進行=前尾 知成
ルウとの出会いによって、キオの中で何かが変わっていく。ヴェイガンとは本当に憎むべき敵なのか？思い悩むキオから、イゼルカントは、ガンダムの解析のために必要な情報を聞き出そうとする。しかしキオは情報提供の条件として、火星圏に蔓延する病に効く薬を要求する。ルウに与え、彼女の病気の進行を少しでも遅らせるためである。薬を届けるため、キオはルウに会いに行くようになり、二人はしだいに心を通わせていく。そんな時、一人の男がセカンドムーンに降り立つ。
第３７話「ヴェイガンの世界」
脚本=日野 晃博／絵コンテ=酒井 和男／演出=酒井 和男／キャラ作監=松川 哲也／メカ作監=有澤 寛／制作進行=高橋 弘樹
捕らわれの身となり、火星圏にあるヴェイガンの本拠地『セカンドムーン』に連れて来られたキオ。そこでキオは、ヴェイガンの首領イゼルカントと出会う。キオはヴェイガンの大規模な施設や軍備を見て驚きを隠せない。さらに、イゼルカントはキオに、『ヴェイガンの真実』を見せようとする。それは、火星圏の民が背負った、悲しい現実だった。イゼルカントに連れられてやって来たセカンドムーンの居住区で、キオに運命の出会いが待っていた。
第３６話「奪われるガンダム」
脚本=兵頭 一歩／絵コンテ=加瀬 充子／演出=南 康宏／キャラ作監=牧 孝雄／メカ作監=進藤ケンイチ／制作進行=渋谷 晃尚
ガンダムを捕獲するため、ディーヴァに攻撃を仕掛けるゼハートとザナルドの二つの部隊。それを向かえ討つべく、キオはＡＧＥ－３で出撃する。ゼハートとザナルドは、競い合うようにキオを追い詰めていく。その攻撃は苛烈をきわめ、キオは窮地に陥る。そんなキオを救うため、フリットはＡＧＥ－１で出撃する。強力な二つのＭＳを相手に、善戦するフリットだったが、そこには、ザナルドとゼハートの仕掛けた罠が待ち構えていたのだった。
第３５話「呪われし秘宝」
脚本=木村 暢／絵コンテ=池野 昭二／演出=池野 昭二／キャラ作監=池田 佳代／メカ作監=松田 寛／制作進行=米澤 和俊
ビシディアンが残した謎のメッセージカプセル。それによりこの戦争に関わる「呪われた秘宝」の正体が明かされる。ヴェイガンが持つ驚異的な軍事技術や、それに関わるかつて地球連邦が隠蔽した衝撃の事実に、ディーヴァの一同は驚きを隠せない。一方、ヴェイガン陣営では、ゼハートとザナルドによる新たな作戦が決行されようとしていた。キオは、新たなＡＧＥ-３「オービタル」に乗って戦うが、新武装を搭載したゼハートとザナルドのＭＳは、キオを追い詰めていく…。
第３４話「宇宙海賊ビシディアン」
脚本=加藤 陽一、日野 晃博／絵コンテ=うえだ しげる／演出=うえだ しげる／キャラ作監=しんぼたくろう／メカ作監=久壽米木 信弥／制作進行=奥田 卓司
月にある連邦軍基地ルナベースへと進路を取るディーヴァ。そんな時、キオは、自分たちを待つ謎の男の気配を感じる。ディーヴァが暗礁宙域サルガッソーに差し掛かると、悪名高き宇宙海賊ビシディアンが攻撃を仕掛けてくる。ヴェイガンにも連邦にも所属せず、無差別に略奪と破壊を繰り返す彼らは、力ずくでもディーヴァを奪い取ると告げる。だがそこにヴェイガンが襲来し、三つ巴の戦いとなる。危機に陥ったキオは、１機のビシディアンのＭＳに助けられるが…。
第３３話「大地に吠える」
脚本=日野 晃博／絵コンテ=寺岡 巌／演出=角田 一樹／キャラ作監=森下 博光／メカ作監=有澤 寛／制作進行=前尾 知成
ヴェイガンの侵攻作戦により、新たなる連邦軍総司令部ロストロウランが戦場となっていた。激しい戦闘が繰り広げられる中、ゼハートは、プラズマ粒子爆弾による基地破壊計画を目論む。刻々と迫るタイムリミット。基地全滅の危機に、ディーヴァＭＳ隊が爆弾の排除にあたる。残り時間がわずかとなったとき、命運はＸラウンダーであるキオに託された…。
第３２話「裏切り者」
脚本=兵頭 一歩／絵コンテ=古田 丈司／演出=古田 丈司／キャラ作監=大貫 健一／メカ作監=阿部 邦博／制作進行=岡田 智敏
南米の連邦軍総司令部ロストロウランに到着間際、ディーヴァ艦内にヴェイガンのスパイがいることが判明する。正体を知られ逃亡するスパイ。ロストロウランはヴェイガンの大部隊に襲撃され、キオは仲間と思っていたスパイを放っておけず、ＡＧＥ-３で追いかけるのだが、スパイの事情を聞き、戦争の中に生きる人間の辛い現実を知ることになる。
第３１話「戦慄 砂漠の亡霊」
脚本=木村 暢／絵コンテ=酒井 和男／演出=酒井 和男／キャラ作監=松川 哲也／メカ作監=金 世俊／制作進行=高橋 弘樹
ディーヴァは、ロストロウランに向かう途中、砂漠上空にて、司令部が砂漠の亡霊と呼ぶ、正体不明の敵部隊『ファントム３』の攻撃を受ける。砂漠に潜む狡猾な敵の戦法に苦戦するディーヴァのモビルスーツ隊。そんな時、この状況を打ち破るべく、ＡＧＥシステムは、砂漠戦に特化したガンダムの新たな形態を生み出そうとしていた。ガンダムＡＧＥ-３は、厳しい戦況を打破すべく、完成したばかりの新型マシンＧホッパーとドッキングする。
第３０話「戦場になる町」
脚本=加藤 陽一／絵コンテ=京極 尚彦／演出=孫 承希／キャラ作監=牧 孝雄／メカ作監=進藤ケンイチ／制作進行=渋谷 晃尚
戦場となり混乱する町。既に軍から退役していたフリットは、この緊急事態にオリバーノーツの基地に駐留していた老朽艦ディーヴァの発進を命ずる。ところが、フリットを疎ましく思う基地司令ドレイムスによって、ディーヴァには、寄せ集めのクルー達が乗り込むことになる。モビルスーツ同士の激しい戦闘。ぶつかり合うキオとゼハート。熾烈な戦いが続く中、様々な思惑を乗せて、再びディーヴァが動きだすが、その前にヴェイガンの地上戦艦が立ちはだかる。
第２９話「じいちゃんのガンダム」
脚本=日野 晃博／絵コンテ=大塚 健・古田 丈司／演出=綿田 慎也／キャラ作監=池田 佳代／メカ作監=大塚 健／制作進行=米澤 和俊
アセムの息子・キオは１３歳になり心優しい少年に育っていた。キオが暮らすオリバーノーツに、ヴェイガンが襲い来る。敵要塞によって破壊されるビッグリング。そして、ヴェイガンの首領イゼルカントは、地球侵略の全面的な開始を宣言する。ヴェイガンの攻撃は地球全域に及び、連邦は大混乱に陥ってしまう。この危機的状況の中、キオとフリットは、新たなるガンダム、ＡＧＥ３を動かそうとする。キオは、ガンダムの意外な隠し場所に驚く…。
