第２８話「地球圏の動乱」
脚本=兵頭 一歩／絵コンテ=うえだ しげる／演出=うえだ しげる／キャラ作監=しんぼたくろう／メカ作監=松田 寛／制作進行=前尾 知成
『勇気の日』と呼ばれる慰霊祭の日、地球首都ブルーシアでは、地球連邦首相フロイ・オルフェノアが演説を行っていた。地球に侵入したヴェイガンの指揮官メデル・ザントは、ある使命をおびて、演説会場への攻撃を画策する。一方、それを迎え撃つべく出撃準備する地球連邦軍ＭＳ隊の中には、アセムの姿があった。そんな中、演説会場に入った連邦軍司令官フリット・アスノはオルフェノアを糾弾する…。
第２７話「赤い夕陽を見た」
脚本=日野 晃博／絵コンテ=酒井 和男／演出=酒井 和男／キャラ作監=森下 博光／メカ作監=久壽米木 信弥、阿部 宗孝／制作進行=奥田 卓司
ノートラムを守る連邦軍とヴェイガンの移動要塞ダウネスの激しい戦闘は続く。アセムとゼハートはおたがいの使命を背負い、最後の一騎打ちを繰り広げる。戦闘は最終局面を迎え、連邦軍の秘策によって、大破した戦艦がダウネスに衝突させられる。その衝撃によって大気圏への落下を始めるダウネス。巻き込まれたディーヴァも危機に。そのとき、アセムとゼハートは、ダウネスに突入する。要塞内部に突入すれば、生きては帰れないというのに…。
第２６話「地球 それはエデン」
脚本=日野 晃博／絵コンテ=長崎 健司／演出=長崎 健司／キャラ作監=大貫 健一／メカ作監=有澤 寛／制作進行=岡田 智敏
ヴェイガンは、ついに地球への本格的な侵攻作戦を開始する。移動要塞ダウネスを用い、地球に最も近いコロニー『ノートラム』に攻撃をしかけてきたのだ。対する連邦軍艦隊は、最新鋭兵器『フォトンリング・レイ』で、それを迎え撃つ。壮絶な戦闘が続く中、アセムとウルフの前に現れた、ゼハートとデシル。アセムは二人のＸラウンダーの力に苦戦する。今、地球軌道を目前にして、大きな悲劇が起きようとしていた。
第２５話「恐怖のミューセル」
脚本=木村 暢／絵コンテ=古田 丈司／演出=古田 丈司／キャラ作監=松川 哲也／メカ作監=阿部 邦博／制作進行=高橋 弘樹
フリット達は、破壊したヴェイガンのＭＳから、資質のない者であってもＸラウンダーと同様の力を引き出せる装置『ミューセル』を発見する。ミューセルを分析し、ヴェイガンの技術力に驚くディーヴァ隊。しかし、ミューセルは、使用者の脳に大きな負担をかけるものだった。一方、ヴェイガンの首領、イゼルカントはゼハートに新たな侵攻作戦を指示した。そんな中、Ｘラウンダー部隊の攻撃に対しアセムはミューセルを装備して出撃してしまう。
第２４話「Ｘラウンダー」
脚本=加藤 陽一／絵コンテ=京極 尚彦／演出=京極 尚彦／キャラ作監=牧 孝雄／メカ作監=金 世俊／制作進行=渋谷 晃尚
２５年ぶりの再会を果たしたフリットとグルーデック。そこでグルーデックは、ヴェイガンへの内通者が連邦軍の中にいることを語る。一方、拘束室から解放されたアセムは、気晴らしにソロンシティの繁華街へと出かけていた。仲良く遊ぶ若者たちを見て、学生時代の楽しかったころを思い出してしまうアセム。そんな時、アセムの前に、ゼハートが現れる。アセムを戦いから引き離そうとするゼハート。しかし、自分には戦いしかないと言い張るアセム。二人はそれぞれの思いをぶつけ合うが…。
第２３話「疑惑のコロニー」
脚本=兵頭 一歩／絵コンテ=酒井 和男／演出=孫 承希／キャラ作監=池田 佳代／メカ作監=進藤ケンイチ／制作進行=米澤 和俊
工業コロニー『ソロンシティ』の企業、テクノソロンは、ヴェイガンに協力している可能性があった。テクノソロンの工場ではヴェイガンのモビルスーツの一部を製造している疑惑があるのだ。フリット達はその確証をつかむべく、テクノソロンへの潜入作戦を決行する。アセムは、民間人に危険が及ぶ作戦の内容に疑問を抱き、フリットに意見するが、フリットは聞く耳を持たず。そんな父に反発してアセムは、ディーヴァを飛び出してしまう。
第２２話「ビッグリング絶対防衛線」
脚本=日野 晃博／絵コンテ=寺岡 巌／演出=角田 一樹／キャラ作監=しんぼたくろう／メカ作監=松田 寛・阿部 宗孝／制作進行=奥田 卓司
連邦軍総司令部『ビッグリング』侵攻に向けて動き出したヴェイガン。ゼハートは地球制圧軍の司令官として、全軍を挙げた戦いを展開しようとしていた。対するビッグリングの司令官であるフリットも、その攻撃に備えて綿密な防衛作戦を立てる。ついに始まるヴェイガンのビッグリング攻略作戦。ヴェイガン側は攻撃部隊としてＸラウンダー部隊マジシャンズ８を投入する。さらに、デシルとゼハートも参戦し、連邦軍を追い詰めていく。そんな中、フリットは司令官としての才覚を現してヴェイガンに立ち向かう。
第２１話「立ちはだかる幻影」
脚本=木村 暢／絵コンテ=鈴木 健一／演出=鈴木 健一／キャラ作監=大貫 健一／メカ作監=有澤 寛／制作進行=岡田 智敏
地球軌道に浮かぶ連邦軍総司令部『ビッグリング』に到着したディーヴァ。そこでアセムは、司令官である父・フリットと再会する。しかし、司令官として立派な父にコンプレックスを感じてしまう。前の戦いでゼハートに圧倒的な力の差を見せられたアセムは、軍の『次世代パイロット訓練プログラム』に参加する。しかし、Ｘラウンダー適正においてはＤ判定を受け、偉大な父や、敵となった親友を前に、自分の力不足に苦悩する。そんなとき、ウルフが現れ、アセムをある場所に連れて行くのだが…。
第２０話「赤いモビルスーツ」
脚本=加藤 陽一／絵コンテ=綿田 慎也／演出=綿田 慎也／キャラ作監=石野 聡／メカ作監=大塚 健／制作進行=高橋 弘樹
ヴェイガンでは、ゼハートの能力を最大限に発揮させる、新型の機体が完成しつつあった。ゼハートは、ガンダムに対抗するため、機体の完成を急がせる。一方、ディーヴァは、ヴェイガンとの戦闘を回避するため、危険な航路である岩礁宙域ルートを進んでいた。しかし、それを見抜いていたゼハートは、岩礁宙域に待ち伏せて、攻撃を仕掛けてくる。ついに、ゼハートが乗り込む新型の赤いモビルスーツと、アセムのガンダムとが激突する。
第１９話「アセムの旅立ち」
脚本=日野 晃博／絵コンテ=古田 丈司／演出=古田 丈司／キャラ作監=森下 博光／メカ作監=阿部 邦博／制作進行=渋谷 晃尚
地球連邦軍へ入隊したアセム。そこには多くの仲間たちとの出会いがあった。一方、ゼハートもまた、ヴェイガンで新たなる一歩を踏み出していた。
宇宙戦艦ディーヴァは、アセム達を乗せて、連邦軍総司令部ビッグリングへと旅立っていく。その行く手をさえぎるヴェイガンのモビルスーツ部隊。交戦状態になりアセムは、ＡＧＥシステムにより進化を遂げた新たなるガンダム・ＡＧＥ-２を駆って、出撃する。
第１８話「卒業式の戦闘」
脚本=兵頭 一歩／絵コンテ=うえだ しげる／演出=うえだ しげる／キャラ作監=松川 哲也／メカ作監=金 世俊／制作進行=米澤 和俊
アセムとゼハートは卒業式を迎える。ともに青春を過ごした友との別れ。卒業後、連邦軍に入るというアセムに、ゼハートは意外な言葉を投げかける。親友の言葉に戸惑うアセム。式の途中、コロニーはヴェイガンの襲撃を受け、状況は一変する。激しい戦いが繰り広げられ、ウルフ・エニアクルの新型モビルスーツ、Ｇバウンサーも参戦する。アセムもまた、ガンダムに乗り込み、ヴェイガンのモビルスーツに対抗する。もつれ合う戦闘の最中、アセムは、敵のパイロットを目撃する。アセムはその姿に驚愕してしまう。
第１７話「友情と恋とモビルスーツ」
脚本=木村 暢／絵コンテ=亀井 治／演出=亀井 治／キャラ作監=しんぼたくろう／メカ作監=松田 寛／制作進行=奥田 卓司
ＭＳクラブに所属し、学園生活を謳歌するアセム達。そんなとき転入生のゼハートがクラブに入れて欲しいとやってくる。謎の多いゼハートだったが、アセム達はモビルスーツ選手権へ向けて、ともに準備することになる。しかし、肝心の選手権当日に、ヴェイガンの攻撃が始まってしまう。アセムはガンダムを出して立ち向かうが、新たなるＭＳはガンダムを越える力を持っていた。そのＭＳを動かしていたのは…！？
第１６話「馬小屋のガンダム」
脚本=日野 晃博／絵コンテ=酒井 和男／演出=酒井 和男／キャラ作監=牧 孝雄／メカ作監=進藤ケンイチ／制作進行=福岡 大生
２５年という時が流れ、新たな世代へとガンダムは受け継がれていく。地球連邦軍と、かつてＵＥと呼ばれた『ヴェイガン』との戦争は、未だ終わることなく続いていた。連邦軍司令官であるフリット・アスノは、ＡＧＥデバイスを１７歳の誕生日を迎えた息子、アセムに託す。そんなとき、アセムたちが住んでいるコロニー・トルディアがヴェイガンの攻撃を受けてしまう。アセムはヴェイガンから、コロニーの人々を守るため、隠されたガンダムを起動する。
