第３１話「戦慄 砂漠の亡霊」
脚本=木村 暢／絵コンテ=酒井 和男／演出=酒井 和男／キャラ作監=松川 哲也／メカ作監=金 世俊／制作進行=高橋 弘樹
ディーヴァは、ロストロウランに向かう途中、砂漠上空にて、司令部が砂漠の亡霊と呼ぶ、正体不明の敵部隊『ファントム３』の攻撃を受ける。砂漠に潜む狡猾な敵の戦法に苦戦するディーヴァのモビルスーツ隊。そんな時、この状況を打ち破るべく、ＡＧＥシステムは、砂漠戦に特化したガンダムの新たな形態を生み出そうとしていた。ガンダムＡＧＥ-３は、厳しい戦況を打破すべく、完成したばかりの新型マシンＧホッパーとドッキングする。
第３０話「戦場になる町」
脚本=加藤 陽一／絵コンテ=京極 尚彦／演出=孫 承希／キャラ作監=牧 孝雄／メカ作監=進藤ケンイチ／制作進行=渋谷 晃尚
戦場となり混乱する町。既に軍から退役していたフリットは、この緊急事態にオリバーノーツの基地に駐留していた老朽艦ディーヴァの発進を命ずる。ところが、フリットを疎ましく思う基地司令ドレイムスによって、ディーヴァには、寄せ集めのクルー達が乗り込むことになる。モビルスーツ同士の激しい戦闘。ぶつかり合うキオとゼハート。熾烈な戦いが続く中、様々な思惑を乗せて、再びディーヴァが動きだすが、その前にヴェイガンの地上戦艦が立ちはだかる。
第２９話「じいちゃんのガンダム」
脚本=日野 晃博／絵コンテ=大塚 健・古田 丈司／演出=綿田 慎也／キャラ作監=池田 佳代／メカ作監=大塚 健／制作進行=米澤 和俊
アセムの息子・キオは１３歳になり心優しい少年に育っていた。キオが暮らすオリバーノーツに、ヴェイガンが襲い来る。敵要塞によって破壊されるビッグリング。そして、ヴェイガンの首領イゼルカントは、地球侵略の全面的な開始を宣言する。ヴェイガンの攻撃は地球全域に及び、連邦は大混乱に陥ってしまう。この危機的状況の中、キオとフリットは、新たなるガンダム、ＡＧＥ３を動かそうとする。キオは、ガンダムの意外な隠し場所に驚く…。
